UNIVERSITAS AIRLANGGA



Detail Article

Indonesian Journal of Clinical Pathology and Medical Laboratory

ISSN 0854-4263

Vol. 20 / No. 2 / Published : 2014-01

Order : 12, and page :133 - 140

Related with : Scholar   Yahoo!   Bing

Original Article :

Conserved sequences and hiv-1

Author :

  1. Efrida*1
  2. Andani Eka Putra*2
  1. Dosen Fakultas Kedokteran
  2. Dosen Fakultas Kedokteran

Abstract :

Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) memiliki tingkat keragaman genetik (ragaman molekular) yang tinggi terkait dengan mekanisme penghapusan, penyisipan dan terutama penggabungan kembali. Penggabungan kembali antar subgrup/intersubtipe HIV-1 menghasilkan galur virus baru penyebab infeksi. Sampai saat ini diketahui bahwa terdapat sekitar 40 circulating recombinant form (CRF) dan 100 unique recombinant form (URF) di seluruh dunia. Berbagai ragaman molekular HIV-1 tersebut menyebabkan pitfalls deteksi HIV karena kesulitan merancang pengujian yang dapat menemukan seluruh galur HIV-1. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ragaman molekular, sehingga dapat diidentifikasi sekuens genom HIV-1 terawetkan dari isolat lokal asal Sumatera Barat. Cara yang digunakan adalah penelitian deskriptif terhadap sampel penderita yang dicurigai terinfeksi HIV-1 berdasarkan hasil penyaringan antibodi menggunakan uji cepat HIV-1 di laboratorium Patologi Klinik RS. Dr. M. Djamil Padang. Isolasi RNA dan penguatan dengan RT-PCR dilakukan di bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran UGM. Penguat disekuensing menggunakan metode Sanger dan dianalisis dengan Clustal W disertai data sekuens dari HIV sequence database. Subtipe HIV-1 isolat utama lokal asal Sumatera Barat adalah AE/B sebanyak empat (4) buah  isolat (57,1%), disusul oleh subtipe AE dua (2 ) buah (28,6%) dan B, satu (1) buah (14,3%). Sebagian besar ragaman molekular pada penelitian ini berkaitan dengan substitusi satu (1) basa disusul oleh penghapusan dan penyisipan. Protease memperlihatkan besar ragaman yang cukup luas, yang terdiri dari 20–37 substitusi dan penghapusan sebanyak satu sampai dengan empat (1–3). Gen p24 merupakan yang sangat terawetkan disusul oleh gp120 dan vpu. Didasari telitian ini dapat disimpulkan bahwa isolat penggabungan kembali HIV-1 merupakan perbandingan terbesar dengan daerah terawetkan yang ditemukan di p24 dari kelompok protein gag.

Keyword :

HIV-1, molecular variation, recombination, , sequences, conserved,


References :

Kemenkes,(2011) Statistik Kasus HIV/AIDS di Indonesia Jakarta : Kemenkes





Archive Article

Cover Media Content

Volume : 20 / No. : 2 / Pub. : 2014-01
  1. Bromcresol Green (bcg) And Bromcresol Purple (bcp) Methods In Liver Cirrhosis Receiving Albumin Infusion
  2. Fib-4 Score And Highly Active Anti Retroviral Therapy Among Hiv Infected Patients
  3. Associations Between Age, Age At Onset, Disease Duration With Esr, Crp, Das20-esr In Rheumatoid Arthritis
  4. Testing Of Aerobic Pathogenic Bacteria In Central Operating Rooms
  5. Rusip Related To The Lipid Profile In Hypercholesterolemia
  6. Mean Platelet Volume, White Blood Cell And Platelet Count In Acute Appendicitis
  7. Generic Simvastatin
  8. Genotypes And Subtypes Of Hepatitis B Virus In Chronic Active Hepatitis B Infection
  9. The Prediction Of Sepsis Due To Procalcitonin Related To Clinical Outcome
  10. Plasma Levels Of Tgf-β1 And Cd4+ T-lymphocytes In Stage I Hiv-infected Patients
  11. Ethanol Extract And Ethyl Acetate Of Alang-alang (imperata Cylindrica) On Superoxide Dismutase (sod)
  12. Conserved Sequences And Hiv-1
  13. Effects Of Cigarette Smoking On Laboratory Aspirin Resistance
  14. Potassium Levels In Stored Packed Red Cells
  15. Validity Of Engrailed-2 In Prostate Cancer
  16. Update Biomarkers Of Lupus Nephritis
  17. Examination Of Ckmb And High Sensitive Troponin T In Non-st Segment Elevation Myocardial Infarction Patients

Information CPML